Die gebürtige Georgierin absolvierte ihr Gesangsstudium am Staatlichen Konservatorium in Tiflis. Nach ihrem Studium wurde sie als Solistin an der Oper Batumi und an der Oper Tiflis engagiert.

Als Azucena wurde sie 2001 an die Oper Dortmund engagiert. Von dort ging sie als Ensemblemitglied an das Meininger Theater (Dorabella, Jezibaba, Brangäne), an das Landestheater Linz (Carmen, Jezibaba, Großherzogin von Gerolstein, Orlofsky) und zuletzt an die Staatsoper Hannover. Ihre Partien an der Staatsoper Hannover umfassen u.a. Santuzza, Eboli, Carmen, Ulrica, Venus, Fricka, Waltraute, Suzuki, Prinzipessa, Frugola, Preziosilla, Herodias, Brangäne und Amneris.

Khatuna Mikaberidze gastierte wiederholt an der Volksoper Wien (La Madre in Luigi Dallapiccolas „Il prigioniero“, Czipra in „Der Zigeunerbaron“), an der Oper Frankfurt (La Madre in „Il Prigioniero“), am Opernhaus Oslo (Eboli), am Theater Bremen (Amneris), am Staatstheater Kassel (Santuzza), an der Deutschen Oper am Rhein (Eboli und Amneris), an der Hamburgischen Staatsoper (Maddalena), an der Oper Graz (Eboli), am Theater Basel (Jezibaba) sowie in der Felsenreitschule Salzburg (Ortrud).

Ihr Repertoire umfasst aber auch zeitgenössische Werke wie „Intolleranza 1960“ (Eine Frau) von Luigi Nono, „Orest“ (Elektra) von Manfred Trojahn, „Die Teufel von Loudun“ (Jeanne) von Krzysztof Penderecki, „Caligula“ (Caesonia) von Detlev Glanert, „Lot“ (Frau) von Giorgio Battistelli sowie Luciano Berios „Folks Songs“.

Für ihre Gestaltung der Jeanne in „Die Teufel von Loudun“, für ihre Eboli und zuletzt für ihre Amneris (Produktionen an der Staatsoper Hannover), erhielt sie Nominierungen in der „Opernwelt“.

In den vergangenen Jahren sang sie unter anderem Carmen an der Oper Leipzig, Brangaene am Hessischen Staatstheater Wiesbaden, Amneris am Staatstheater Brauznschweig und Amneris am Theater St. Gallen.

2023/24 singt sie am Hessischen Staatstheater Wiesbaden die Ortrud in Lohengrin.

2015 wurde die CD ,,Der Zigeunerbaron“ veröffentlicht (NDR Radiophilharmonie & NDR Chor, Lawrence Foster, Pentatone), auf der sie die Czipra singt.